特别行政区《基本法》是规定特别行政区政治、经济、文化制度、居民的权利与义务、中央与特别行政区的关系等重大问题的根本法，是特别行政区成立后特别行政区政府和居民要遵守的基本行为准则，也是特别行政区立法的基础，也是中央在对特别行政区进行管辖时必须遵守的基本法律文件。在特别行政区的法律体系中，《基本法》的地位最高，具有最高的法律效力。可以说，《基本法》就相当于特别行政区的“宪法”。

由于《基本法》的重要性与特殊性，所以只有中央才有特别行政区《基本法》的制定权。两部特别行政区《基本法》的起草都证明了这一点。如香港特别行政区《基本法》就是全国人大任命的基本法起草委员会完成，1990年4月4日七届全国人大三次会议通过的。法律的修改权与制定权同等重要，根据《宪法》第62条的规定，制定和修改《基本法》的权力属于全国人民代表大会，其他任何机关包括全国人大常委会都无权行使。

香港、澳门特别行政区《基本法》分别在第159条和第144条规定了《基本法》的修改事项。首先明确，《基本法》的修改权属于全国人民代表大会；其次，规定修改提案权属于全国人民代表大会常务委员会、国务院和特别行政区。特别行政区的修改议案，须经特别行政区的全国人民代表大会代表三分之二多数、特别行政区立法会全体议员三分之二多数和特别行政区行政长官同意后，交由特别行政区出席全国人民代表大会的代表团向全国人民代表大会提出。再次，《基本法》的修改议案在列入全国人民代表大会的议程前，先由特别行政区基本法委员会研究并提出意见。最后，规定《基本法》的任何修改，均不得同中华人民共和国对特别行政区的基本方针政策相抵触。